Hijo de Fernando II y de Urraca de Portugal, Alfonso IX nació en Zamora en el año 1171. Los problemas con su familia le llevaron a viajar a Portugal para integrarse en la corte de aquel reinado. Cuando viaja hacia la tierra vecina, en enero de 1188, recibió la noticia del fallecimiento de su padre y regresó para reinar.

Sus conflictivas relaciones con Portugal, por la mala relación con su madrastra, y Castilla marcaron su reinado, el de León, una tierra emparedada entre el reino portugués que buscaba su independencia y el de la pujante Castilla, gobernada por su primo, Alfonso VIII, contra quien luchó. Además,los almohades suponían un gran peligro por el sur. Por si las amenazas extranjeras no bastaran, el nuevo monarca se encontró con que el reino estaba en bancarrota por la política que había llevado su padre durante su reinado.

Con esta situación, el monarca, que apenas contaba diecisiete años, convocó las famosas Cortes de León de 1188 en las que fueron convocados por primera vez los representantes de las ciudades para intervenir en asuntos de Estado. Asistieron representantes de la nobleza, del clero y de las clases populares procedentes de León, Galicia, Asturias y Extremadura, siendo de esta manera, las primeras Cortes representativas de Europa y del mundo.

Las Cortes se reunieron en el claustro de San Isidoro bajo la presidencia del rey leonés. Estaban presentes todos los obispos del reino, incluyendo al arzobispo de Santiago de Compostela, que era la máxima autoridad religiosa del reino, además de los nobles y los representantes de las ciudades del reino de León, que por primera vez eran convocados a un acto de estas características. Las ciudades representadas eran León, Oviedo, Salamanca, Ciudad Rodrigo, Zamora y Astorga, incluyendo también otras como Toro, Benavente, Ledesma y algunas más.

El corpus documental de Los Decreta, el acta que surgió de aquella primera curia con burgueses de las ciudades, contempla lo que se podrían entender como las primeras leyes pactadas por representantes de todos los estamentos sociales. Aquellas normas eran, en verdad, ejecutadas por el rey, en connivencia con todos los demás parlamentarios.

Además ser el rey que dio la voz al pueblo, uno de los actos más importantes y destacables de Alfonso IX en el Reino de León fue la creación del Estudio General de Salamanca, a partir de las escuelas catedralicias que ya llevaban funcionando casi un siglo. En aquellos tiempos eran normales las escuelas en las catedrales de los reinos de España.

En 1208, el obispo Tello Téllez de Meneses había creado un Estudio general en Palencia (que acabó convirtiéndose en Universidad en 1263, cuando estaba a punto de desaparecer), un estudio donde los leoneses tenían difícil acudir debido a los continuos choques entre León y Castilla. Por eso, Alfonso IX decidió, en 1218, crear otro Estudio General en Salamanca. Años más tarde, Fernando III le daría un gran impulso y Alfonso X de Castilla finalmente la convertiría en la primera universidad que, en Europa, ostentaba ese título, el 6 de mayo de 1254.

Los intereses de la política fronteriza le llevaron a establecer dos alianzas matrimoniales. En 1191 se casó con su prima Teresa Sánchez de Portugal y en 1197 con su sobrina Berenguela de Castilla, hija de Alfonso VIII, rey de Castilla (1158-1214).

Cuando falleció el 24 de septiembre de 1230, dejó el reino a Sancha y Dulce, hijas de su primer matrimonio. Pero será su hijo, el rey Fernando III de Castilla, habido en su matrimonio con Berenguela, quien finalmente reciba el reino de León en 1230. A partir de este momento los dos reinos no volverán a separarse. 

Alfonso IX de León falleció en el municipio gallego de Sarria​ a los cincuenta y nueve años de edad, cuando realizaba una peregrinación a Santiago de Compostela.​ Fue sepultado en la catedral de Santiago de Compostela, donde había sido enterrado su padre, el rey Fernando II.