Para que no exista duda, pudo ser construida perfectamente entre el último decenio del siglo XI y primeros años del XII, esta singular iglesia románica de San Marcos de Salamanca, situada al norte del casco antiguo salmantino, muy cerca de la primera muralla interior que tuvo la ciudad, junto a la puerta septentrional de la misma que la comunicaba con Zamora, Puerta de Zamora.
El rey Alfonso XI de León habría entregado una iglesia en 1202 a la Corporación de clérigos salmantinos que se llamaría Clerecía de San Marcos y posteriormente -a partir del siglo XIV- Real Clerecía de San Marcos. Fue sede de estos sacerdotes hasta 1769 cuando, a la vez que la expulsión de los jesuitas, se les dio la iglesia que estos tenían en la ciudad, por lo que La Clerecía, todo un imponente templo barroco. Por ello, la iglesia de San Marcos se convirtió en simple templo parroquial, que llega hasta nuestros días.
Por todo su interés arquitectónico como románico original, y más con la aparición de piezas artísticas como pinturas murales, un Cristo gótico, debido a las obras de rehabilitación, para conseguir el máximo parecido a la original, en los años 1966 y 1967, San Marcos es monumento histórico-artístico nacional desde 1931.
Aunque existan varias iglesias poligonales españolas con similitud a formas circulares, tienen planta centralizada a imitación del Santo Sepulcro de Jerusalén, mientras que San Marcos es de planta basilical con tres naves orientadas y tres ábsides en el círculo del perímetro de la base.
Esta planta circular tan peculiar abre la hipótesis de que se eligiese para emplear la iglesia, no sólo como templo, sino también como lugar de reuniones de los sacerdotes, algo parecido a las salas capitulares de las catedrales, lugares para debatir.
La planta circular tiene unos veinte metros de diámetro, con muros muy austeros con cinco aspilleras, una espadaña, dos puertas, una con arcos al sur, que es la puerta de ingreso, con un escudo de las Austrias y el Toisón de Oro, y otra simple y las piedras con muchas marcas de cantero en los sillares. Ya en el siglo XVIII se levantó la espadaña barroca actual sobre el arco triunfal central. La cornisa de canecillos está adornada con rostros humanos, cabezas de animales, bolas y cuadrifolios.
El interior sorprende por su oscuridad, a falta de ventanas y vidrieras. Tiene tres naves paralelas, con tres ábsides. Las cubiertas de dichas naves son de madera. El tramo más cercano a la cabecera de la nave central se techa con una interesante cubierta de par y nudillo del siglo XV.
En las obras de restauración, como ya apuntamos, apareció la imagen de un Cristo gótico, del siglo XIV, de madera, quizás sea el llamado Cristo del Castillo, enterrado bajo el suelo con los brazos pegados al cuerpo, como un enterramiento humano. Una vez restaurado se ha colgado en el ábside central.
También se recuperaron algunas pinturas murales al temple del siglo XIV. En los muros opuestos del ábside central aparecen San Gabriel y la Virgen María componiendo el pasaje de la Anunciación. También hay en el muro meridional del absidiolo meridional un grupo pictórico formado por cuatro escenas. La superior es la más grande y representa la Coronación de la Virgen junto a varios ángeles. Junto a la puerta norte el gran panel de pintura mural que podemos observar corresponde con el habitual San Cristóbal con el Niño. Finalmente, se conserva una pila bautismal de no muy gran tamaño que pudiera ser medieval.
Sin lugar a dudas, la iglesia de San Marcos, en la Puerta Zamora de Salamanca, es un templo digno de visitar y, además, una obra cumbre y única del primer románico.