Juan Aguilera (Salamanca, 1509 – 1560) fue un médico y astrónomo. Se licenció en Medicina en la Universidad de Salamanca en 1532 y en 1535 obtuvo el doctorado. Desde su infancia se interesó también por la astronomía y en ese sentido cita a dos profesores anteriores de esta materia: el salmantino Abraham Zacut y Rodrigo de Basurto. En 1538, Aguilera desempeñaba la cátedra de Astrología, como sustituto en su Universidad.

De 1540 a 1550 acompañó al obispo de Burgos, Juan Álvarez de Toledo, en un viaje a Roma, donde atendió como médico a los pontífices Pablo III y Julio III. Allí conoció al médico y humanista Andrés Laguna y a otros españoles, con los que se reunía para tratar temas científicos y donde adquirió probablemente conocimiento de la obra de Copérnico. De sus actividades en Roma hay noticias en las cartas del filósofo jesuita Juan Páez de Castro.