El coro es realmente amplio y en él destaca la sillería de madera de nogal tallada por Alonso de Balbás a partir de 1651; Juan de Mondravilla trabajó las cresterías o remates decorativos de la sillería, el asiento del prior y el enorme facistol.

El gran fresco que decora el coro es obra de Antonio Palomino y lleva por título «El Triunfo de la Iglesia Militante».  Mediante el espejo dispuesto en el coro podemos apreciar de manera conjunta la bóveda de la nave central, el fresco mencionado y el facistol asomando.